玉雲寺には寺伝もなく開創当初の事やその後の寺歴も伝わらないため、詳しいことは不明ですが、
郷士歴や「山西洞家明細鑑」(大房暁著昭和38年)では、寛永年間の開創とされています。

最初は現在の場所より1キロほど北の山中、田代という地に建立され、
正保年間(1644～1648年)に現在の地に移転したと伝えられています。

寛永三年(1626年)静居寺僧堂で修行した悟州順首座は、この地域の人々に禅の教えと先祖供養の大切さを説き、
地域の人々と協力して玉雲寺を開創しました。順予首座和尚は、開創後まもなく亡くなりました。

御開山は現在地に移転した正保年間になってから、
天下にその名を知られた静居寺九世天桂伝尊師を拝請して御開山にしたと思われます。

十八代徳岩大高師は、昭和二十三年、静居寺の支持を得て、
玉雲寺の寺格を法地に上げ、結制修行を行って大和尚となり、
信仰心篤い壇信徒の葬儀では導師を務めたり、寺の行事や事業も全責任を担うことになりました。
そして昭和三十年代には同門寺院である法恩寺を合併しました。